İnebahtı gibi önemli bir limanın elden çıkması, Venediklileri, önce karsı koyma, sonra da karşılık verme hareketlerine şevketmiş ise de kendi zaaflarını bildiklerinden ve çok büyük bir masrafa mal olacak uzun harplere tahammül edemeyeceklerini anladıklarından Osmanlılarla iyi geçinmeyi siyasetleri bakımından daha uygun görmüşlerdi. Bu sebeple, Osmanlılarla barış yapmak üzere Lui Maventi adında bir elçi vâsıtasıyla Osmanlılara müracaat etmişlerdi. Venedik elçisi, Venedik tüccarlarının serbest bırakılmasını ve İnebahti'nın iade edilmesini istemişti. Şayet Osmanlılar bu maddeleri kabul etmeyecek olurlarsa hiç olmazsa barış yenilenmeliydi. Elçinin bu teklifine karşılık Sultan Bâyezid: "Eğer benimle barış yapmak istiyorsanız, Mora'da elinizde bulunan Modon, Koron ve Napoli (Napoli di Malvazya) şehirlerini teslim ile senede belli miktarda bir vergi vermelisiniz" demişti. Böyle bir şeyi beklemeyen elçi, böyle bir anlaşma yapma yetkisinin bulunmadığını söyleyerek ayrılır. Padişah, kıs ortasında Yakup Paşa'nın donanma ile birlikte hareket ederek Modon'a muhasara etmesini emreder. Kendisi de ilkbaharda Ramazan 905 ( 7 Nisan l500) da Edirne'den hareket eder. Temmuz ayinin yedisinde donanmasının Moton önüne geldiğini haber alınca, dört günde Güney Mora'ya iner. Aslında burası bir aydan beri Rumeli ve Anadolu kuvvetleri tarafindan sarılmıştı. Venedik amirali, Türklerin ilk önce Mora'nin güneyindeki Napoli'ye hücum edeceklerini zannederek buraya bir miktar donanma göndermişti. Gerçekten Türkler, Venediklileri şaşırtmak için bir miktar kuvvetle karadan buraya taarruza geçmişlerdi. Bu taarruz, sadece Venediklileri şaşırtmak için yapılmıştı. Venedik amiralinin buraya donanma göndermiş olması, Osmanlıların bu teşebbüslerinde basarili olduklarını göstermektedir. Davut Paşa'nın komutasında bulunup İnebahtı limanında yatan donanma, 27 Temmuz l500'de bu limandan çıkıp Navarin limanı önünde Venedik donanması ile çarpışır. Davut Pasa kendi gemisiyle (Bastarda) düşman amiralinin bastardasına rampa ettiyse de başka bir düşman mavnası da Davut Pasa gemisine rampa ettiğinden Kaptan Pasa tehlikeli bir duruma düşmüştü. Tam bu esnada Pirî Reis kendi gemisiyle yetişerek Kaptan Paşa'yı kurtardığı gibi donanmanın bozulup bir felaketin meydana gelmesini de önlemişti. Çok sağlam ve müstahkem bir kale olan Modon'un halkı, kalenin sağlamlığına ve kara yönünü çeviren üç kat derin hendeğin yürüyüşe engel olacağına güvenerek teslim olmak istemiyordu. Hatta halk, kendilerini kuşatan ordunun kuşatmayı kaldırıp geri dönmek zorunda kalacağını gözlemekte idi. Bu yüzden de savunmayı sürdürüyordu. Topçuları ise sanatlarında pek mahir olmuşlardı. Nitekim bir mil mesafede bulunan hedeflere tam isabet ettiriyorlardı. Bu yüzden kale bir türlü düşmüyordu. Bu gayretlerinin bir sonucu olarak kale, üç hafta kadar muhasara altında kaldı. Son günlerde Venedik Amirali Melchior Trevisano, donanma ile yardıma geldiyse de fazla bir şey yapamadı. Trevisano, şehre yardim etmek için Türk donanmasını yararak ikindi namazı vaktinde dört kadırgayı limana sokmuş ise de bunlar, daha önce limana gerilen zincir yüzünden pek ileriye gidemediler. Kale muhafızlarından bir kısmi, gemilerin zinciri geçmesi için istihkamlarını bırakarak yardıma geldikleri sırada Sultan Bâyezid, hücum emri verdiğinden Anadolu Beylerbeyi Damat Sinan Pasa kuvvetleri, açtıkları gediklerden içeri girerek Modon'u aldıkları gibi limana girmiş olan dört Venedik gemisini de yakmışlardı. l3-l4 Muharrem 906 (9-l0 Ağustos l500)'de gerçeklesen fetihten sonra şehre giren Sultan Bâyezid, Hoca Saadeddin ( ll,l02 )'in ifadesine göre fethin besinci günü şehrin en büyük kilisesi olan Saint Jean'ı câmie tahvil ederek maiyetiyle birlikte burada Cuma namazını kılmıştır. Sultan Bâyezid, duvarların yüksekliğini ve hendeklerin derinliğini görünce "Beylerbeyim Sinan Paşa'nın ve yeniçerilerimin kahramanlıkları sâyesinde bu kaleyi Tanrı verdi" der. Hammer'in dediği gibi bu yüksek duvarlardan ilk tırmanan yeniçeri, devletin en mamur sancaklarından birine bey olmuştu. Kalenin bütünüyle onarılması ve yanan yapıların yeniden yaptırılması, Anadolu Beylerbeyi olan Sinan Paşa'ya havale edildi. Modon'un, Türkler tarafindan zaptedildigi haberi, Venedik'te büyük ve derin bir matemin meydana gelmesine sebep oldu. İçine düşülen Ümitsizlik, Doge Augustinos Barbarigo'nun, 7 Eylül tarihi ile Papa ve diğer Hıristiyan hükümdarlara gönderdiği yazıdan anlaşılmaktadır. Venedikliler, tek teselliyi Venedik donanmasının Modon'u geri alacağı hususunda besledikleri temelsiz ümitte buluyorlardı. Venedik senatosu, Modon'san kurtulan bir kişim halkı Kefalonya adasına yerleştirmekle meşgul oluyordu. Bu arada Pâdişah, tahkimatına hayran kaldığı şehrin fethini Allah'ın kendisine bir lütfü olarak telakki ediyordu. Bâyezid, Modon'a girdiği sırada şehrin bir kısmi muhafızlar tarafindan yakılmıştı