Venedik, İnebahtı, Modon, Koron ve Navarin gibi yerlerin ellerinden alınmasının yanında, iki sene üst üste inen Osmanlı darbesine karsı koyamayacağını anlamıştı. Bu sebeple Osmanlılara karsı Alman İmparatoru, Papa, İngiltere, Fransa, İspanya, Napoli, Lehistan ve Macaristan'dan yardim talebinde bulunur. Bu yardımla Osmanlılar aleyhine bir "Haçlı İttifakı" ortaya çıkmış oluyordu. Başlangıçta, menfaatleri gereği Türkleri, Venedikliler aleyhine harekete geçiren Papa, bu sefer de çağrısı üzerine Osmanlılar aleyhine bir ittifak kurmaya çalışıyordu. Papa İV. Aleksandr, Venedik'e verdiği cevapta kendilerine yardim göndereceğine değindikten sonra, Türklerin yaptıklarını, kiliselerin uğradığı hakaretleri ve Hıristiyanlığın içine düştüğü tehlikeleri tasvir ederek Haçlı Birliğini sağlayacağını açıklıyordu. Hammer'in ifadesine göre Papa'nın bu şekildeki davranışı, kutsallık perdesine bürünmüş olan nefret, gönlünde Padişah II. Bâyezid'e karsı yakıp yıkmalardan gelen bir üzüntüden çok, Şehzâde Cem'in tahsisatını kaybından dolayı öfkelenen Aleksandr Borciya'nin öfkesine benziyordu. Sonunda ortak menfaatler, Venedik, Papa ve Macaristan Kralı'nı saldırma ve savunma konusunda bir anlaşma ile birleşmeye götürdü.Bunun için Venedik, Papa ve Macaristan arasında l500 yılında bir muahede imzalanır. Bu anlaşma, Roma'da l50l yılında Papa Kilisesi'nde Pantekot Yortusu'nun Pazar gününde ilan olundu. Bu, Hıristiyan devletlerin, Türkiye aleyhindeki ikinci ittifaklarıdır. Bu şekildeki taahhütler, Osmanlılara karsı "Haçlı Savaşları"nın yerini almıştı. Buna göre müttefik kuvvetler denizde Osmanlıları meşgul ederken, Macarlar da karadan taarruz edeceklerdi. l500 senesi sonbaharında Venedik Âmirali Pisaro, Osmanlılara ait Eğine adasını işgal ederken, İspanya ve Venedik donanması da Kefalonya adasını zaptetmislerdi. Bu arada Fransa Kralı'nın yeğenini komutan olarak tayin ettiği ve l5 bin kişilik askerî gücü bulunan Fransız donanması da Zenta adasına gelip demirlemişti. Bundan başka, Argon ve Sicilya Kralı'nın donanması da Korfo adasına yanaşmıştı. Amiral Ravestayn komutasındaki donanma ile birlesen Venedik gemilerinin de dâhil bulunduğu donanmanın mevcudu 200 kadırgadan ibaretti. İste "Haçlı İttifakı"nın meydana getirdiği bu muazzam donanma, Ege Denizi'ne açılarak Midilli adasını kuşatma altına almıştı. Midilli'nin kuşatılma haberi, İstanbul'a ulaşır ulaşmaz, bir anda büyük bir kargaşanın yaşanmasına sebep oldu. Çünkü buranın düşman eline geçmesi, diğer adalar halkının isyanına ve dolayısıyla onlarin da elden çıkmasına sebep olabilirdi. Bunun için adaya büyük bir kuvvetin gönderilmesi gerekiyordu. Asker toplanması için memleket içine seksen "Ulak" gönderildiği gibi Pâdişah bizzat bu isle meşgul olarak, şehirliden ve sanat erbabından adam yazıp Hersekzâde Ahmed Pasa komutasında 300 parça gemi ile adaya gönderildi. Bu esnada, müttefik donanmasının bir kısmi, Ege sahillerini tahribe ederken Rodos Şövalyelerinin reisi emri altındaki donanma da Akdeniz'deki Osmanlı adalarını vuruyordu. Gerçi İstanbul'dan önce, Midilli'nin Haçlılar tarafindan kuşatılma haberi, buraya en yakin olarak Saruhan Sancakbeyi Şehzâde Korkut tarafindan duyulur duyulmaz o, Kethüdası komutasında 800 kişi ile Karesi Sancakbeyi maiyetindeki tımarlı sipahi kuvvetlerini derhal adanın yardımına gönderir. Ayazmend'e gelen Şehzâde'nin kuvvetleri karanlık bir gecede düşman saflarını yararak hisara girerler. Bununla beraber, askerlerden bir kısmi, kaleye girmeye muvaffak olduysa da bir kısmi giremedi. Bu esnada Şehzâde'nin Kethüdası sehid olur. Kaynaklarımız, burada geçen olayları tafsilatli bir sekilde verirler. Biz de onlarin dil özelliklerine fazla müdahale etmeden, onlarin ifade ettikleri sekilde olanları nakl etmeye dikkat edeceğiz. Ahmed Pasa, Cemaziyülevvel (Aralık l50l)'de Midilli yakınına geldiği zaman kâfirler, Midilli Kalesine doğru yürüyüşe geçtiler. Fransa birliklerinin komutanı ve Kralı'nın yeğeni, kaleye girmek için koşup öne çıktığı zaman, İslâm gâzilerinden bir yiğit, bu gâvuru öldürüp kellesini kuleye dikti. Bunu gören Fransız askerleri bozulmaya başladılar. Fransız Amirali, kendisine yardıma gelmekte olan Rodos Şövalyelerinin 29 parçadan müteşekkil donanmasını beklemeden demir alıp kaçar. Yolda Cerigo adası civarında fırtınaya tutulan Fransız donanması, tamamen batar. Artik, Venedik askerlerinin yapabilecekleri bir şey kalmamıştı. Müttefiklerinin kaçtıklarını görünce onlar da gemilerine binip memleketlerine doğru yol almaya başladılar. Bütün çabalarına rağmen, Midilli'yi ele geçiremeyen Birleşik Haçlı ordusunun çekilmesi üzerine Midilli kalesi, yeniden tamir edilerek muhafaza için buraya asker konur. Fransız donanması Midilli'den kaçarken, Rodos ile İspanya donanmaları Ege'ye girip Çanakkale Boğazı'na kadar sokulmuşlardı. Amiral Gonzalvo de Cordova'nin komutasındaki İspanyollar, Kemal Reis'in yaptıklarının öcünü almak için çalışıyorlardı. Fakat Fransız donanması ile birleşemedikleri ve tanımadıkları bu yabancı sulardan ürkmüşlerdi. Bu yüzden de umduklarını bulamadan ve hiç bir şey yapamadan dönüp gitmişlerdi. Görüldüğü gibi, Venedik, İspanya, Macaristan, Lehistan, Fransa, Almanya, Rodos ve daha başka devletlerin, daha doğru bir ifadeyle bütün bir Avrupa'nın Osmanlı'ya karsı güç birliği edip birleşmelerine rağmen, birlikte hareket etme imkânına kavuşturulmadıkları için bu Haçlı Seferi'ni kaybetmişlerdi. Böyle büyük bir orduyu tam anlamıyla maglub etmek, II. Bâyezid döneminin mühim olaylarından biridir. Osmanlı iktisat tarihiyle ilgili kaynak ve eserlerin belirttiklerine göre "Avârız", "Kürekçi Bedeli" ve "Azeb" gibi "Örfî Vergi"lerin ilk defa tarh ( konması) edilmesi, Midilli hadisesinden sonra olmuştur. II. Bâyezid döneminin devam eden ve tehlikeli bir hal alan savaşları, külliyetli miktarda askerin beslenmesini ve donanmanın hazırlanmasını gerektiriyordu. Zira harpler, sıkıntılı günler yasayan hazineyi, daha da zor durumda bırakıyorlardı. İste bu sebeple devlet, bu dönemde ilk olarak "Imdadiye-i Seferiye" adi verilen yukarıdaki vergileri koymuştu. Venedikliler, bütün ittifak faaliyetlerine rağmen, Osmanlılarla basa çıkamayacaklarını anlamış olmalılar ki, harpten çekilmek isterler. Bu konuda, arabuluculuk yapmaları için Fransa Kralı XII. Lui veya Lehistan Kralı'na bas vururlar. Venediklilerin bu istekleri, Osmanlılar tarafindan da müspet karşılanır. Çünkü bu dönemde doğu hududunda Akkoyunlu Devleti'nin yerine Şiî Safevî Devleti'ni kurmuş olan Sah İsmail tehlikesi bas göstermişti. Osmanlı Devleti ile Venedikliler arasındaki müzakere esaslarını, harpten önce İstanbul'da Venedik elçisi olarak bulunan ve casusluğundan dolayı tevkif edilen Andrew Gritti isminde biri idare ediyordu. Müzakereler sonunda l4 Aralık l502 (Recebe 908 )'ta Osmanlılarla Venedikliler arasında 3l maddeden müteşekkil bir anlaşma imzalanır. On gün içinde uygulamaya konacak olan bu muahedenin en önemli maddeleri şunlardı: l. Venedik Cumhuriyeti, İnebahtı, Modon ve Koron ile oralardaki diğer küçük kaleleri Osmanlılara terk ettiği gibi Arnavutluk'ta elinden alınan Drac'in zaptını da tanıyordu . 2. Venedikliler, Osmanlılardan zapt ettikleri adalardan Kefalonya'yi kendilerine alıkoyup Santamavra adasını iade ediyorlardı. 3. Osmanlılar tarafindan harp esnasında müsadere edilen ve halka ait olan eşya geri verilecekti. Venediklilerin her sene verecekleri on bin duka altının ve Santamavra'nın zaptı esnasında Venedik Amirali Pesaro'nun eline geçmiş olan yirmi dört bin dukanın Osmanlılara iadesi gerekiyordu. 20 Ağustos l503 ( Rebiülahir 909 ) senesinde Osmanlılarla Macarlar arasında da bir anlaşma imzalandı. Macarlar tarafindan gönderilen Barhabas Belabi adındaki elçi ile yapılan anlaşma yedi yıllık olacaktı. Buna göre Osmanlı Devleti , Macar Kralı'nı, Isklovanya, Moravya, Silezya ve Lozasi hükümdarı olarak da tanımaktaydı. Buna karşılık Macaristan Kralı, Osmanlı akıncılarının Kuzey Bosna'da son olarak aldıkları yerlerin Osmanlılarda kalmasını kabul ediyordu. Bu arada Boğdan, Eflak ve Raguza'lılar da anlaşmadan istifade edeceklerdi. Buna karşılık bu üç devlet, hem Osmanlılara hem de Macarlara vergi vereceklerdi. İki taraf ticaret serbestisini ve bu münasebetle tüccarların birbirlerinin ülkelerine gidip gelmelerine müsaade edeceklerdi. Macar Kralı dört İncil (Matta, Markos, Luka, Yuhanna) üzerine, Osmanlı Vezir-i Azami da Kur'an-i Kerim üzerine yemin ederek bu muahedenâmeyi tasdik etmişlerdi. Gerek Venedik, gerekse Macarlarla yapılan anlaşmalardan sonra devletin diş güvenliği emniyet altına alinmiş oluyordu.