Karamanoğullarının, Osmanlılar'a bağlanmasından sonra Anadolu'da merkeziyetçi bir idare kurmak ve Anadolu birliğini sağlamak düşüncesinde olan Bayezid, Canik bölgesindeki bazı Türk beylerini idaresi altına almak için harekete geçer. Bu gayenin gerçekleşmesi için 1398 ilkbaharında o taraflara doğru bir sefere çıkarak Canik Beyi Kubadoğlu Cüneyt'in üzerine varır. Sonunda bunun merkezi olan Müslüman Samsun'u zapt eder. Osmanlı hâkimiyeti altında bulunmak şartıyla Cüneyt Bey'e Lâdik ve diğer bazı kaleler bırakılır. Samsun ve havalisi bir sancak itibar edilerek, Bulgar Kralı Şişman'ın, Müslüman olan oğlu Aleksandr'a verilir. Yıldırım Bayezid, daha sonra Bafra ve Giresun bölgesindeki beyler ile Çarşamba ve Terme havalisine hâkim olan Taceddinogullari'ni, sonra da Havza ile Merzifon'a hâkim olan Taşanoğulları'nı Osmanlılara bağlar. Bu bölgelerin zaptı ile Karadeniz bölgesindeki Osmanlı sinin, Trabzon Rum İmparatorluğu sınırına kadar dayanmış oluyordu. Anadolu'daki bu basarılar sonucunda Yıldırım Bayezid, Kadı Burhaneddin Devleti'nin kuzey, bati ve güneybatı taraflarını ele geçirmişti. Fakat Sivas merkez olmak üzere Anadolu'nun büyük bir kısmi hâlâ Kadı Burhaneddin'in idaresinde idi. Yıldırım Bayezid ile Kadı Burhaneddin birbirlerine bu kadar yaklaşmış olmalarına rağmen müşterek bir düşmana karsı koymak için işbirliği yapmaktan çekinmediler. Bu tehlike, doğudan gelen ve daha sonra Anadolu'yu kasıp kavuracak olan Timur tehlikesiydi. Anadolu'ya geleceği haberi alınan Timur'un, Kadı Burhaneddin'e elçi gönderdiği ve kendisine tabi olmasını istediği anlaşılmaktadır. Bunun üzerine Kadı Burhaneddin, Osmanlı hükümdarı ile Mısır Sultani (Memlûk)ne mektuplar göndererek tehlikeyi haber vermiş ve "bilesiniz ki ben her ikinizin de komsusuyum ve benim memleketim sizin memleketiniz demektir. Ben, sizin hudutlarınızın siperiyim ve askerlerinizin öncüsüyüm. Yoksa ben ona nasıl mukavemet edip ve nasıl müsademe edebilirim. Hâlbuki onun ahvalini işitmişsinizdir. Nice ordular bozmuştur. Eğer siz bana imdada ederseniz ben ona karsı dururum, beni yalnız bırakırsanız beni ona karsı harcamış olursunuz. Sizin önünüzde bulunan ben, size gelecek belalara kâfiyimdir. Maazallah eğer ondan bana bir zarar gelirse pek memuldur ki size de sirayet edecektir. Benim, Timur'un mektubuna cevap vermemekliğini sizden alacağım cevaba göre bir cevap olacaktır." Yıldırım Bayezid, Kadı Burhaneddin'in mektubundan son derece memnun olup mütalaasını beğenmiş ve kendisine su cevabi göndermişti: "Eğer Timur seni bırakıp giderse ne ala. Şayet vaaz geçmezse karsı koyacak bir orduyu ona karsı sevk ederiz ve onun için istediğin kadar ona mukavemet et. Basiret ve hüsnü niyet üzere olup onun askerinin çokluğundan korkma. Zira nice az cemaat (topluluk) çok cemaate galebe etmiştir. Eğer sizce lüzum görürseniz bizzat kendim geleyim ve askerimle oraya ineyim. Sizin bayraklarınız daima basta ve ayakta olsun. Ben, senin kılıcına kol ve sana bazu olayım." Fakat bu muhabere devam ederken, kaderin bir cilvesi olacak ki, Timur daha Anadolu'ya gelmeden Kadı Burhaneddin vefat eder. 1398 yılında Kadı Burhaneddin'in, Akkoyunlu hükümdarı Karayülük Osman Bey ile yaptığı savaşta ölmesi, Osmanlıların onun ülkesine sahip olmalarına sebep oldu. Sivas, Kayseri ve çevresi hükümdarı Kadı Burhaneddin, bir zaman kendisine tabi olan ve daha sonra muhalefete kalkışmış bulunan Akkoyunlu aşiretinin reisi Karayülük Osman Bey'i takibe ederek onunla meydana gelen muharebede yakalanıp katledilmişti. Sivas halkının karan ile oğlu Alâeddin Ali Bey (Zeynelâbidin) babasının yerine hükümdar olmuştu. Fakat Karayülük diye şöhret bulan Osman Bey, Sivas'ı muhasara edip almak istediğinden Sivas'ın ileri gelenleri Osmanlı hükümdarını yardıma çağırmışlardı. Yıldırım Bayezid bu daveti kabul ederek oğlu Süleyman Çelebi vasıtasıyla Sivas üzerine yirmi bin atlı ve dört bin yaya göndermişti. Bu birlik, Karayülüğü maglub ederek Sivas'ı kurtarmıştı. Süleyman Çelebi, Sivas'ı kendisi zapt etmeyip babasını davet ettiğinden büyük bir kuvvetle gelen yıldırım Bayezid, şehre girmişti. Bayezid, Kadı Burhaneddin'in oğlu Zeynelâbidin'i, eniştesi olan Dulkadiroğlu Nasiruddin Bey'in yanına gönderdi. Böylece Kadı Burhaneddin'in ülkesi (Sivas, Tokat, Niksar, Şarkî Kara hisar, Kayseri, Kırşehir ve Aksaray), yani Orta Anadolu'nun doğu kısmi da Osmanlı Anadolu birliğine katilmiş oldu. Bayezid, oğlu Süleyman Çelebi veya Mehmet Çelebi'den birini buraya vali tayin eder. Kadı Burhaneddin'in devlet erkânını ve bütün askerlerini maiyetine alır. Böylece, Kara Tatarlar da Osmanlı Devleti 'nin hizmetine girerler. Kadı Burhaneddin Ahmet'in ülkesinin alınmasından sonra Osmanlı Devleti , Anadolu'nun yarısından fazlasına hâkim oluyor, kuvvet ve kudretçe Mısır Memlûk hükümdarlığına rakibe olacak bir hale geliyordu. Ayni zamanda Mısır Devleti'nin hâkimiyeti altında bulunan Malatya ve çevresi ile Divriği ve civarını da tehlikeye sokmuş oluyordu. Is bu kadarla da kalmıyordu. Zira Memlûk hâkimiyetini tanımış olan Dulkadiroğullari Beyliği de tehlikeye giriyordu. Bu durumdan endişelenen Memlûk hükümdarı Berkuk, Bayezid'ın çok kısa zamanda kazandığı bu parlak zaferlerden ürkmeye başlamış ve bilhassa onun Hıristiyan dünyasında elde ettiği zafer ve fetihler dolayısıyla, kendi Müslüman tebaasının ona karsı doğacak sevgi ve hissiyatını da düşünerek, o dönemde Mısır'da Malikî Mezhebi'nin bas kadısı olan meşhur ibn-i Haldun'a kendisinin Timur'dan çekinmediğini, asil Bâyezit'dan korkmakta olduğunu söylemişti. Yıldırım Bayezid'ın Bati ve İç Anadolu'nun tamamını idaresi altına alarak doğuya doğru bir genişleme siyaseti gütmesi, Osmanlı Devleti ile Timur'un İmparatorluğunu da karsı karsıya getirdi. Bu arada Osmanlı Devleti tarafından bağımsızlıklarına son verilen Anadolu beyleri, bu iki Müslüman devleti karsı karsıya getirmek için gayret sarf ediyorlardı. Bunlar, savaş ateşini alevlendirmek için olayların üzerine körükle varmaya başladılar.