Bu durum üzerine Berlin'de büyük Avrupa devletlerinin katılmasıyla bir kongre toplandı (13 Temmuz 1878). Avusturya-Macaristan Murahhası Kont Andrassy, Osmanlı Devleti 'nin Bosna-Hersek'te asayişi sağlayamadığından dolayı bu durumun Avusturya-Macaristan Devleti'ni de rahatsız ettiğini belirtmiş ve bunun üzerine İngiltere Murahhası Lord Salisbury de Bosna-Hersek'in Avusturya tarafından işgal edilmesini önermiştir. Bu teklif Rusya Murahhası Prens Gorçakof tarafından da kabul edilmiştir. Osmanlı Murahhası Alexandır Karatodori Paşa bu teklife şiddetle karşı çıktıysa da Prens Bismarck: "Kongre teşkilinden maksat Osmanlı Devleti 'nin menfaatlerini savunmak olmayıp, Avrupa'nın menfaatlerini korumaktır. Kongre Osmanlı Devleti 'ne Makedonya ve Bulgaristan'ı iade ettiğinden dolayı Osmanlı Devleti 'nin şikâyete hakkı yoktur"[1] diye cevap vermişti. Sonuçta Avusturya'nın belirsiz bir süre için Bosna-Hersek'i işgal etmesine, gerekirse Yenipazar'da dahi asker bulundurmasına karar verilmiştir. Ancak daha sonra Yenipazar'ın yönetimi Osmanlı Devleti 'ne bırakılmıştır. İngiltere ise bu arada geçici olarak Kıbrıs'a yerleşmiştir. Alexandr Kara Todori Paşa, Osmanlı Devleti 'nin Bosna-Hersek üzerindeki hükümranlığının, Avusturya-Macaristan'ın işgali ile kalkmayacağı ve kongreden sonra işgalin ayrıntıları hakkında iki taraf arasında bir anlaşma yapılacağı konularında bir beyannameyi hazırlayarak Avusturyalılara kabul ettirmiştir. Ayastefanos Antlaşması'nın maksadı Balkanlar'daki Osmanlı topraklarının Rusya nüfuzu altındaki Balkan Devletleri arasında taksimi olduğu halde, Berlin Antlaşması, diğer devletlerin iştirakiyle taksim hadisesini imparatorluğun geneline yayıyordu. Keza Avusturya'nın işgali altına girmesiyle Bosna-Hersek'in elden çıkma merhalesi başlamıştır. Bosna-Hersek'in Avusturya tarafından işgal olunacağı haberi ahali arasında büyük tepkilere neden olmuş, Osmanlı Devleti 'nin konunun bir kez daha müzakare edilmesi teşebbüsleri de başarısız kalmıştır. Nitekim Avusturya'nın işgaline karşı Boşnaklar şiddetle karşı çıkmış, önce Hersek'in merkezi olan Mostar, sonra da Bosnasaray , büyük direnişlerle karşılaştıktan sonra Avusturya tarafından işgal edilebilmiştir. İşgal 29 Temmuz'da başlamış 28 Ekim l878'de tamamlamıştır. Bosna-Hersek'in işgalinin tamamlanmasından sonra Osmanlı Devleti 'ne bırakılmış olan Yenipazar'ın da Avusturya işgaline girmesi tehlikesine ve Bosna-Hersek üzerindeki Osmanlı hükümranlığının tesbitine dair Avusturya ile müzakereye girişilmesine karar verildi ve bunun için Hariciye Nazırı Alexandır Karatodori ve Maarif Nazırı Münir Paşalar görevlendirildi. Bu müzakereden amaç Bosna-Hersek üzerindeki Osmanlı hükümranlığının devamı, işgalin geçici olması, ahalinin Osmanlı kanunlarına tâbi olması ve Yenipazar'a gönderilecek Avusturya askerlerinin sayısı ve kalacakları yerlerin tesbit edilmesi idi. Yenipazar konusunda Osmanlı Devleti 'nin endişesi burasının da Avusturya'ya geçmesinden sonra bu devletin Selanik'e kadar ilerleyebileceği idi. Zaten Avusturya'nın Yenipazar'a girmesi ile Bosna-Hersek'te olduğu gibi silâhlı bir direnişle karşılacağı muhakkaktı. Bu durumda Osmanlı askerinin, kendini savunmaya başlayacak Müslüman ahaliye yardım edip etmeyeceği de ayrı bir mesele idi. Bosna-Hersek üzerindeki Osmanlı hükümranlığına halel getirilmemesi, ahalinin ibadetlerine karışılmaması, Osmanlı parasının kullanılmaya devam edilmesi, Osmanlı askerine ait silahların ne yapılacağı gibi konular üzerinde en çok durulan hususlardı. İşgalden sonra bölge bir askerî vali tarafından idare edilmeye başlanmıştır.