Kanunî döneminin önemli iç olaylarından biri de Bozok bölgesinde ortaya çıkan Şiî karakterli iç isyanlardır. Bu isyanlardan biri, Kanunî'nin, Mohaç seferine çıkıp Budin'e doğru ilerlemekte oldugu bir sırada patlak vermişti. Genel olarak bu isyanlar, Safevîleri, II. Bâyezid ile Yavuz Sultan Selim devirlerinden beri Anadolu'daki tahrikleri sonucunda Şiî temayüllü Türkmen gruplarının çıkardıkları isyanların devamı mahiyetinde idiler. Yavuz Sultan Selim devrinde şiddet ve güçlükle teskin edilebilen Safevî propagandası, Sah İsmail'in oğlu Tahmasb'in tahta geçmesi ile yeniden hız kazanır. Oldukça geniş cephelerde cereyan eden bu isyanın baslıca kışkırtıcısı ve müsebbibi, Safevîleri mezhebe organizasyonuna bağlı olarak yürüttükleri, sistemli propaganda ile gizli ve isyankâr faaliyetleri idi. Bunlar tek merkezden idare ediliyor ve her tarafta, hemen hemen her zaman görülebilecek mahallî bazı haksizlik ve uygulamalar büyütülerek, türlü şekillerle muayyen zümreler tahrik ediliyordu. Birçok yerde birden patlak veren ve bir plan dâhilinde oldugu, müşterek hareketlerinden anlaşılan bu isyan teşebbüslerinin Safevîler tarafindan idare edildiğini gösterecek pek çok sebep vardır. Osmanlı Devleti 'nin, Budin'deki harple meşgul olması, İran'ı harekete sevk etmişti. Böylece Iran, Şarlken ile Ferdinand'a yardim etmiş oluyordu. İsyan hareketini büyüten islerin basında, yapılan Iran propagandası ile birlikte tımar ve tahrir sebebiyle gayr-i memnun bir sınıfın ortaya çıkmasıydı. Nitekim Bozok sancağı tahriri esnasında tahrir memurlarının yaptıkları haksizlik, kısa zamanda bölgede bir ayaklan maninin başlamasına sebep olmuştur. Bu ayaklanma, Süglün Koca ve oğlu Sah Veli ile Safevî halifesi (ajanı) Zünnûn adli kimselerin birleşmek suretiyle etraflarına Bozok Türkmenlerini toplayarak harekete geçmeleri ile başlamıştı. Onlar, bölgede bulunan Müslihiddin adındaki kadı, onun katibi Mehmed ve Hersekzâde Ahmed Paşa'nın oğlu olan Sancakbeyi Mustafa Bey'i öldürürler. Beyleri Şehsuvar oğlu Ali Bey'in ölümünden dolayı kırgın olan Dulkadir Türkmenlerinin katılmasıyla isyan daha da büyümüş, Kayseri civarında Karaman Beylerbeyi Hürrem Paşa'yı yenen âsiler, Tokat taraflarına hâkim olmuşlardı. Nihayet Höyüklü mevkiinde sıkıştırılan âsilerle yapılan mücadelede (26 Eylül l526) âsilerin ele basıları öldürülmüştü. Bununla beraber dağılan âsi güruhu yeniden toparlanarak ani bir saldırı ile Rum (Sivas) Beylerbeyi olan Hüseyin Paşa'yı ağır yaralayıp, ölümüne sebep olurlar. Fakat güçsüz âsiler, Diyarbekir Beylerbeyisi Hüsrev Paşa'nın kuvvetleri karsisinda dağılmaktan başka çare bulamazlar. 1527'de Adana taraflarında çıkan isyan ise Adana Beyi Pîrî Bey tarafindan bastırılmıştır. Ancak bu iki isyanın hemen akabinde, Karaman'dan Maraş'a kadar uzanan bölgede büyük bir isyan daha çıkar. Bu isyan hareketinin liderliğini, Hacı Bektaşi Veli sülalesinden oldugunu iddia eden ve Hacı Bektaşi Zâviyesi Postnişini Kalender Çelebi yapmaktaydı. Sah unvanı da verilen Kalender'in, mevkii sebebiyle kısa zamanda yanında 30 bin kişi toplanmıştı. Bunlar, Şiîliğin iyice nüfuz ettiği, sıkı kayıtlar yerine nispeten serbest yasamaya alışmış, devletin birtakım mükellefiyetlerinden gayr-i memnun konargöçer Türkmen grupları idi. Kalender'in isyanı haberi, Mohaç'tan dönmekte olan Kanunî'ye ulaşınca derhal tedbir alınması için emirler göndermiş, İstanbul'a vardığında da Vezir-i Azam İbrahim Paşa'yı isyanı bastırmakla görevlendirmişti. İbrahim Pasa, üç bin yeniçeri ve iki bin sipahiden mürekkeb bir kuvvetle tenkil için sevk olunmuştu. Anadolu Beylerbeyi Behrem Pasa ve Karaman Beylerbeyi Mahmud Paşa'nın eyâlet askerleri ile Cincife mevkiinde âsilere maglub olmaları üzerine İbrahim Pasa, birtakım ön tedbirler alma gereğini duyar. Bu cümleden olarak o, daha isin basında, Kalender'in önünde maglub olan askeri, henüz harbe girmemiş olan kendi kuvvetleri ile temas ettirmez. Bundan sonra sadece Kapıkulu askerlerini yanında tutar. Yenilgi haberini Dulkadir Eyâleti'nde alan İbrahim Pasa, süratle Elbistan'a gider. Pasa, bu isyan kuvvetlerinin üzerine yürüyüp boşu boşuna Müslüman kani dökmektense, siyasî tedbirlerle hareketin sebebini ortadan kaldırmak yolunu tutarak adâlet uygulamaya baslar. Zulüm ve gadirleri görülen ümerâyı cezalandırır. Haksiz olarak zaptedildigi görülen tımarları sahiplerine iade edip, bunların merkezî hükümetin rızası olmadan yapıldığını göstermeye çalışır. Kalender Sah'ın etrafındaki kimseleri, kaçak olarak giden casusları vâsıtasıyla bundan haberdar edip, dehâlet edeceklerin affedilerek eski vazifelerine iade edileceklerini ilan ettirir. Gelenlere iltifat göstererek âsinin etrafındaki Türkmen aşiretlerini kendi tarafına çeker. Sadrazamın bu şekildeki âdil davranışı, Kalender Sah'ın etrafındaki kuvvetlerin derhal çözülmelerine sebep olur. Böylece o, Dulkadir Türkmenlerini kazanarak onlarin, Kalender'in yanından ayrılmasını sağlar. Bunun sonucu olarak kuvvetleri büyük ölçüde azalan âsiler üzerine çok itimat ettiği adamlarının komutasında küçük birer müfreze göndererek 22 Ramazan 933 (2l Haziran l527)'de Bas Sarız (veya Başsaz mevkii) Yaylağı'ndaki Kalender'i İran'a kaçmadan yakalatıp basını kestirir. İbrahim Pasa, bu isyanın bastırılmasından sonra İstanbul'a döner. Bu isyan hâdiseleri merkezî hükümeti ciddi tedbirler almaya sevkedir. Bunun için her tarafa tahkik heyetleri gönderilir. Bu heyetler sâyesinde halkın şikâyet ettiği konular düzeltilir. Böylece gayr-i memnunluk zorla değil, hüsne-i tedbirle giderildi ki, bu, Osmanlı idaresinin karakteristik vasıflarından birini teşkil eder. Herhalde asırlarca Devlet'in varlığını devam ettirmesini sağlayan prensiplerin mahiyeti bu neviden davranışlar sayesinde mümkün olmuştur. Yukarıda zikredilen isyanlardan iki sene sonra yani H. 935 (M.l529)'de Adana civarında basına 5 bin kişi toplayan Şeydi ve sonradan ona iltihak eden İnciryemez adli Kızılbaş âsilerinin çıkardıkları isyan da, Ramazan oğullarından Adana Beyi Pîrî Bey tarafindan şiddetle bastırılarak ele basıları ele geçirilip öldürülmüşlerdi. Anadolu'da cereyan eden bu isyanlar sırasında İstanbul'da Molla Kabız adında birisi, câmilerde, Hz. İsa'nın Hz. Muhammed'den daha üstün oldugu seklindeki görüşlerini, âyet ile hadisleri kendine göre tevil ederek halka yaymaya başlamıştı. Çağdaş tarihçi ve devlet adamı Celâlzâde Mustafa'nın "erbab-i ilimden" oldugunu söylediği Molla Kabız, Kanunî devrinin ilk yıllarında bir zındıklık yoluna sapmış görünmektedir. Celâlzâde'nin ifadesine göre, Molla Kabız'ın itikadına fesada gelmiş, dalalet yoluna saparak harabatî bir hayat yasamaya başlamıştır. Hâdiseyi sadece dinî münakasa değil, ayni zamanda milli bir emniyet meselesi olarak gören Osmanlı hükümeti, fikir ve görüşleri, Şeyhülislâm Kemal Paşazâde tarafindan ilmî delillerle bu fikirleri çürütülmesine rağmen, yine de iddiasından vaz geçmeyen Molla Kabız'ı ölüm cezasına çarptıracaktır. Dönemin fikir, düşünce ve anlayışını ortaya koyması; gerek devlet adamlarının, gerekse hükümdarın benzer olaylara bakisi açısından önemli bir hâdise olan Molla Kabız olayına ana hatlarıyla temas etmek gerekir. Biraz önce belirtildiği gibi Hz. Peygamber aleyhinde konuşan Molla Kabız, 8 Safer 934 günü bazı kimseler tarafindan Divan-i Hümayûn'a getirilir. Çünkü o, "daire-i ser' ve edepten hurucuna ulemadan bazı sahib-i gayret kimesneler tahammül etmeyüp bi'l-fiil Server-i kâinat üzerine (s.a.s.) Hz. İsa'yı tafdil edüp mezkuru Divan-i Hümayûna getirirler." Divan'da bulunan paşalar, bu meselenin bir "ser'-i şerif" isi oldugunu düşünerek olayı Divan üyesi olarak orada hazır bulunan kadıaskerlere havale ederler. Bu sırada Fenarîzâde Muhyiddin Çelebi Rumeli, Kadirî Çelebi de Anadolu kadıaskeri bulunmakta idiler. Dâvasını açıklaması istenilen Molla Kabız, inandığı şeyleri oldugu gibi anlatınca, her iki kadıasker de gazaba gelerek katlini emrederler. Gerek Kabız'ın, gerekse kadıaskerlerin buradaki davranışları ilgi çekici bir mâhiyet arz ediyor. Kabız, iddiasını ortaya koyduktan sonra bunu destekleyen bazı âyet ve hadisleri nakledip bunların açıklamalarını yapıyordu. Bu yolla delillerini ortaya koyduktan sonra, ısrarla dâvasının doğru oldugunu söylüyordu. Halbuki Molla Kabız'ın açıklamaları ile ilgili bazı ser'î meselelerin kadıaskerlerin hatırında bulunmadığı anlaşılıyordu. Bu sebeple her ikisinin de ser'î icaplara göre cevap vermekten âciz bulundukları görülüyordu. Bundan dolayı itidal yolunu terk edip gurur ve gafletin istilasına uğramışlardı. Böylece bu iki kadıaskerin, işgal etmekte oldukları mevkilerin tam mânasıyla ehli olmadıkları meydana çıkıyordu. Celâlzâde'nin ifadesine göre Molla Kabız'ın iddialarına makul cevaplar veremeyen bu iki kadıasker, derhal katlini isterler. Buna karşılık Vezir-i Azam İbrahim Pasa "...bu şahsin müddeasi, ser'-i şerife muhalif olup hata ise ol hatayı gösterüb..." bu konudaki şüpheleri gidermek gerekir, "ser' ile cevabini verin..." kızmak ve gazaba gelmek suretiyle edep hudutlarını asan bir durum meydana getirmek ilim ve akil erbabına lâyık değildir" seklinde konuştuğu halde onlar Molla Kabız'ı inandığı fikirlerden döndürecek bir şey söyleyememişlerdi. Böylece Molla Kabız'ın kadıaskerler karsısındaki ilmî üstünlüğünü dikkate alan paşalar, Divan'ı tatil edip Molla Kabız'ı da serbest bırakırlar. Ancak bu durumu, paşaların oturduğu "taşra divanhâne üzerinde" kafes arkasından takib etmekte olan devrin hükümdarı Kanunî Sultan Süleyman, vezirler huzuruna girer girmez, onlara hitab ile "...bir mülhid, Divânımıza gelüp Peygamberimiz iki cihan fahrine tafdil-i Hz. Isa eyleyüp müddeasi ispatında ekavil-i bâtili tezyil eyleye, şüphesi zâil olmayup ve cevabi verilmeyüb, niçin hakkından gelinmedi...?" demiştir. Bunun üzerine tekrar Divân'a getirtilen Molla Kabız'ın iddialarını çürütmek üzere dönemin mümtaz bir siması olan Şeyhülislâm Kemal Paşazâde ile İstanbul kadısı Mevlâna Saadeddin Divâna dâvet edilirler. Müfti'l-müslimîn olan Kemal Paşazâde Hazretleri büyük bir "hilm" ve "eden" üzre Kabız'ın iddiasını sorup öğrenir. Kabız, okuduğu bâzı âyet ve hadislere dayanarak eski iddiasını tekrarlar. Bunun üzerine Şeyhülislâm onun okuduğu âyet ve hadislerin mânalarını açıklayıp gerçeği ortaya koyar. Celâlzâde Mustafa burada su ifadeleri kullanır: " Tamam itikadını beyan ve ayân edecek kaide-i ilmiye üzre kendisinin su-i fehim ve idrakini gösterip süphelerini tamam izâle eylediler. Böylece hak (gerçek) zâhir ve bâhir oldu. Bu açıklamalar karsisinda Molla Kabız, dili tutulurcasına susmak zorunda kalır. Kaynağımızın dili ile "Kabız'a sukût âriz olup tekellüm ve nutka mecali kalmayup melzûm ve mebhût oldu." Kabız susunca Kemal Paşazâde ayni yumuşaklıkla ona hitab ederek "...iste hak ne idügü zâhir olup malum oldu, dahi sözün varmıdır..." bâtıl inancından vazgeçerek "hakki kabul edercisin?" dedi. Molla Kabız iddiasında ısrar ederek bu teklifi kabul etmez. Bundan sonra Müftü (Şeyhülislâm) İstanbul Kadısı'na dönerek "fetva emri tamam oldu. Ser' ile lâzım geleni siz hükm idün..." teklifinde bulunur. İstanbul kadısı da, Kabız'a hitab ile Ehl-i sünnet mezhebi üzerine, temiz inanç yoluna dönüp dönmediğini tekrar sorar. Fakat Kabız inancında ısrar etmekte idi. Bunun üzerine katline hüküm verilir.