7 Eylül'de Budin'ce giren Kanunî, burada altı gün kadar kaldıktan sonra, Ferdinand ile karsılaşmak niyetiyle Viyana'ya doğru harekete geçme kararı alır. Yoluna devam eden ordu, Avusturya - Macar sınırındaki Ovar kasabasını ele geçirdikten sonra Viyana önlerinde toplanmaya baslar. Bu arada Ferdinand'ın Viyana'da olmadığı anlaşılır. Zira o, kuvvet toplamak için Avusturya içlerine doğru çekilmişti. Çok iyi tahkim edilmiş olan Viyana şehrinin muhasarası ise 27 Eylül'de baslar. Fakat Osmanlı ordusu muhasara için gerekli büyük toplar ile malzeme getirmediği için hazırlıksız sayılırdı. Filhakika, Belgrad, Mohaç ve Budin'de bırakılan ağır toplar olmaksızın, orta ve hafif toplarla kalede istenilen büyüklükte gedikler açılamadı. Almanlar, kaleyi büyük bir fedakârlıkla savunuyorlardı. Surların önünde iki taraf da ağır zayiatlar veriyordu. Surlar altından lağım açma teşebbüsleri de basarili olamıyordu. Yine de aralıksız süren çalışmalar sonucunda surlarda yeni gedikler açılıp buralardan hücumlarda bulunuldu ise de, havaların soğumaya başlaması, kisin yaklaşması ve erzak sıkıntısının had safhaya ulaşması, askerin gücü ile dayanıklılığını etkiliyordu. Kanunî, l7 günlük muhasarayı kâfi görmüş olmalı ki, bu kadar kısa bir müddet içinde böyle müstahkem bir mevkiin düşürülmesi, kuşatan ordu ne kadar kuvvetli olursa olsun imkânsızdı. l4 Ekim l529'da yapılan umumi hücum da başarıya ulaşmayınca, muhasaranın kaldırılmasına karar verilir. Halbuki bu son hücum sırasında birçok gedik açılmış ve müdafilerin dayanma güçleri de tükenmek üzere idi. Lütfi Pasa ile Peçesi'nin ifadelerine göre kisin vakitsiz gelip kar ve yağmurun yağması üzerine "Pâdişah-i İslâm emriyle leşkere (askere) zarar ve ziyan müretteb olmasın diye "bir adamı on bunun gibi hisara vermeden" deyip ândan dış varoşu yaktırıp ve yıktırıp ve etraflarını yağma ve talan ettikten sonra Muharremu'l-Haram'ın yirmi ikisinde Beçten (Viyana) göçüp Budin'ce gelüb". Benzer ifadeleri yabancı kaynaklarda da gördüğümüz için, bu konuda Kanunî'nin ne denli hakli oldugunu ve yerinde bir karar aldığını anlamak mümkün olmaktadır. Kıs ve soğukların erken bastırması üzerine Osmanlı hakanı, kuşatmayı kaldırma kararı alır ki, bu kararda kendi askerini düşünme payı büyüktür. Kuşatmaya son verme kararının alınması üzerine l5 Ekim'de orta büyüklükte toplar, gemilere bindirilerek Tuna üzerinden Belgrad'a doğru yola çıkarılır. Gerçekten, bölgede kar yağısı başladığından şiddetli kıs soğukları bir felaket getirebilirdi. Bu arada Şarlken (Charles Quint) bütün Avrupa'dan topladığı kuvvetleri Linz'e yığıyordu. Bununla beraber Viyana ancak iki hafta daha dayanabilirdi. Ancak kale feth edilse bile sonra ne olacaktı? Kanunî çekilir çekilmez, Linz'deki Alman ordusu gelip şehri muhasara edecekti. Bu muhasaraya dayanabilmek için Viyana'da çok büyük bir askerî güç bırakmak icab ediyordu. Şehirde, Türk topçu ateşinden yıkılmadık bir yer kalmamıştı. Böylece Charles Quint, imparatorluk taht şehrinin tahribi ile cezalandırılmıştı. Kanunî, bu kadarını kâfi gördü. Bu seferde l4 bin kadar Osmanlı askeri ya sehid olmuş veya yaralanmıştı. Buna karşılık Almanya ise tamamen perişan olmuştu. Bu seferden sonra İstanbul'a doğru yola çıkan Pâdişah, Orduyu Hümayûn ile l6 Aralık'ta İstanbul'a gelir. Böylece bu sefer-i hümayûn 7 ay, 7 gün devam etmişti. Bu sefer sayesinde Macaristan'daki Osmanlı hakimiyeti sağlamlaşmış, Avusturya ve Kuzey Macaristan tahrib edildiği için karsı saldırı ihtimali ortadan kalkmıştı.