Düzce ayaklanmasının başladığı ve geliştiği bir sırada, İstanbul Hükümeti yeni bir ihanet hazırlığı içindeydi. İstanbul Sıkıyönetim Mahkemesi kararıyla M. Kemal Paşa başta olmak üzere bütün ileri gelen milliyetçilerin gıyaben idama mahkum edilmeleri, Damat Ferit için yeterli değildi. Milliyetçilerin Anadolu'daki üstünlüğünü yıkmak için yeni bir askeri kuvvet kurulmasını uygun gördü. 8 Nisan'da İngiliz Yüksek Komiseri Amiral de Robeck'le, Anadolu'da, sözde Milliyetçi denilen hareketin bastırılması sorununu görüşürken, İngilizlerden yardım istedi. Amiral, İngilizlerin fiili yardım yapamayacaklarını, fakat kurulacak bir kuvvete yardım edeceğini bildirdi. Bunun sonunda 18 Nisan'da, "Kuva-yı Milliye eşkıyasını tenkil amacıyla" Harbiye ve Dahiliye Vekaletleri'ne bağlı olarak "Kuva-yı İnzibatiye" kuruldu. Subay ve erlere maaş verilerek kurulan bu kuvvet için 1.250.850 lira ödenek kabul edildi. Komutanlığına Süleyman Şefik Paşa atandı. Görevleri için ayrı bir kararname çıkartıldı. Kuva-yı İnzibatiye'ye İttihat ve Terakki'nin iktidarı zamanında Enver Paşa tarafından tasfiye edilmiş subaylar alındı. Şefik Paşa'ya çok geniş yetkiler tanındı. İngilizlerin de yardımıyla kurulan Kuva-yı İnzibatiye, 8 Mayıs'ta İzmit'e geldi. Süleyman Şefik Paşa, karargahını İzmit'te demirli olan Yavuz zırhlısında kurdu. Kuva-yı İnzibatiye, İzmit'te bulunan güçlü bir İngiliz tugayı ve savaş gemilerinin sağladığı güvence ile Sapanca'ya doğru ilerlemeye başladı. Kuva-yı İnzibatiye'nin kuruluşu yanı sıra, İstanbul Hükümeti, "Anadolu Fevkalade Müfettişliği" adında bir örgüt kurdu ve başına 28 Nisan'da Müşir Zeki Paşa getirildi. Müfettişliğin görevi, Anadolu da Padişah otoritesini egemen kılmak ve Padişah adına asayişi sağlamak idi. Zeki Paşa, M. Kemal Paşa'ya bir temsilci ile mektup göndererek, kendisini Birinci Dünya Savaşı'ndaki başarılarından dolayı takdir ettiğini belirttikten sonra, Anadolu'daki ulusal hareketin Müslümanların birbirini öldürmesine yol açtığını, memleketi kurtarmak isteyen Hükümeti ve Padişah'ı güç duruma soktuğunu ileri sürüp, B.M.M. tarafından kurulan Hükümetin lâğvedilmesini, ordunun ve ulusal örgütlerin İstanbul Hükümeti'ne boyun eğmesini ve anlaşma sağlanana kadar çatışmanın durdurmasını istedi. Bu mektubun yanıtı 30 Mayıs'ta yollandı ve 5 Haziran'da Çekirge'de, görüşmeye hazır olunduğu bildirildi. Fakat İstanbul Hükümeti temsilcileri Çekirge'ye gelmediler. Yığınağını tamamlayan Kuva-yı Milliye 23 Mayıs'ta Sapanca, Adapazarı, ve Hendek'e taarruza başladı. Çerkez Ethem birlikleri Sapanca ve Adapazarı'nı aldılar ve suçlular sert şekilde cezalandırıldılar. 25-26 Mayıs'ta Hendek'i alan Ethem, Düzce'ye doğru yürüdü, diğer yandan Refet Bey'de aynı yere taarruza geçti. Kuva-yı İnzibatiye'nin yenilgisi de asilerin umudunu kırdı. Rehin milletvekillerini yollayarak Refet Bey kuvvetlerinin Düzce'ye girmesi, Ethem'in girmemesi koşuluyla teslim olacaklarını bildirdiler. Genelkurmay, asilerin, İngilizlerden ve İstanbul'dan yardım geleceğini umarak bu yola başvurduklarını "şehit edilen komutan ve erlerin hesaplarının sorulmasını, ancak halka kötü davranılmamasını, subay ve memurlardan ihanet edenlerin asla af edilmeyeceğini" bildirdi. Asilerin Ali Fuat Paşa'ya başvuruları da dikkate alınmadı ve Ethem kuvvetleri 26 Mayıs'ta, hiç direnme görmeden Düzce'ye girdi. Ayaklanmayı kışkırtmış ve idare etmiş olanlar idam edildiler. Refet Bey kuvvetleri de 31 Mayıs'ta Bolu ve Gerede'ye girdiler. Kuva-yı İnzibatiye ise henüz yok edilmemişti. Kuva-yı İnzibatiye'nin İzmit bölgesi komutanı Suphi Paşa ile Ali Fuat Paşa arasındaki haberleşmeyle, silah, cephane ve teçhizatı ile Kuva-yı Milliye'ye yapılan saldırı sonunda, birliklerin çoğu direnme göstermeden Kuva-yı Milliye tarafına geçtiler.Fakat topçuları ateş açtılar. Kuva-yı Milliye, topçu ve onlara yardım eden İngilizleri İzmit'e çekilmek zorunda bıraktılar. İstanbul Hükümeti ve İngilizler, M. Kemal Paşa kuvvetlerinin İstanbul'u işgal edeceğini zannettiler. İngilizler Ali Fuat Paşa'ya başvurarak, Türkiye'nin içişlerine karışmayacaklarını ve Kuva-yı İnzibatiye'nin diğer birliklerinin İstanbul'a gönderildiğini bildirdiler. Kuva-yı Milliye İzmit'in boşaltılmasını isteyince anlaşma olmadı. İngiliz uçakları Kuva-yı Milliye'ye saldırdı. 14-15 Haziran gecesi Kuva-yı Milliye İzmit'i ele geçirmek için saldırdı, fakat Ermeni çetelerinin savunmaları dolayısıyla başarı sağlayamadı, İngilizlerin kara, deniz ve hava kuvvetlerinin ateşi karşısında da geri çekildi. İstanbul Hükümeti ise yeniden 5.000 kişilik bir kuvvet kurulması için İngilizlerden izin istedi. İngiliz Askeri Temsilcisi'nden "Mustafa Kemal'i tedip" için Bursa, Balıkesir, Çanakkale illerinden iki tümen kurulmasına yardımcı olması istendi.