Kuva-yı Milliye'nin tasfiyesiyle ilgili bir Olay da Gediz Harekatı idi. Bazı komutanlar, Yunanlıların Gediz'de bulunan kuvvetlerinin çok ilerlemiş ve ana kuvvetlerinden uzaklaşmış olduğu için kolay yenilebileceklerini düşünüyorlardı. Oysa M. Kemal Paşa, Yunanlılara karşı küçük, yerel saldırılar yapılmasını istemiyordu. Bu çeşit saldırılar bir başarı sağlayamayacağı gibi, başarısızlık durumunda, ordunun ve ulusun maneviyatı bozulur görüşündeydi. O'nun stratejisi daha Erzurum'da iken belirlenmişti. Doğu'da önce Ermeni cephesi tasfiye edilecek, Güney'de Fransızlarla gerilla savaşı yapılıp, bu cephede tasfiye edilecek ve sonunda yalnız Yunan Ordusu kalacaktı. Bu tarihe kadar da Yunan Ordusu gerilla savaşıyla oyalanacak ve Düzenli Ordu kurulduktan sonra da, Yunan ordusu, kesin bir saldırı ile "Anadolu'nun Harem-i İsmetinde" yok edilecekti. Batı Cephesi Komutanlığı ve Kuvve-yi Seyyare Komutanlığı birlikte bir saldırıyla Yunan tümenini yeneceklerini düşünerek Genelkurmay'a başvurup, saldırı izni istediler. Burada bulunan kuvvetlerin toplamı 3.000 tüfek, 105 makineli tüfek, 5.000 kılıç (süvari), 52 top ve 7 uçak kadardı. Batı Cephesi Komutanlığı (Ali Fuat Paşa), Ethem kuvvetleriyle birlikte iki tümeni bu saldırıya ayırdı. Genelkurmay'a baş vurarak izin istedi. Genelkurmay cephane yetersizliği sebebiyle bunu ret etti Genelkurmay Başkanı İsmet Bey, cepheye gidip durumu inceledi. Bu arada Kuvve-yi Seyyare, Düzenli Ordu aleyhinde propaganda yapıyordu. "Ordudan fayda yoktur, dağılsın, hepimiz Kuva-yı Milliye olalım." sözleri halk arasında ve Meclis'te çok etkili duruma geldi. "Batı Cephesi kıtaları arasında Kuva-yı Milliye halinde, bir bölge ve bir cephesi bulunan Ethem Bey Müfrezesi'nin erleri, adeta askeri erlere değişilir, ayrıcalıklı görünmeye gıpta edilir durumda sayılmaya başlandı. Ethem Bey ve kardeşleri de, herkes üzerinde bir çeşit nüfuz ve egemenlik sağlıyorlardı." Ethem ile anlaşan Ali Fuat Paşa da milis örgütleriyle birlikte Yunanlılara saldırmalarını istiyordu. Cepheye gelen İsmet Bey ile görüştüler. İsmet Bey, yeterince eğitim ve cephanesi bulunmayan ordunun yerel ve geçici bir başarı için kullanılamamasını istedi ve Yunan Ordusu'nun malzeme ve insan sayısı bakımından çok üstün olduğunu belirterek saldırı yapılmaması için diretti. Ali Fuat Paşa saldırıyı ertelediyse de, birkaç gün sonra saldırıya karar verildiğini Genelkurmay'a bildirdi. Sonunda Batı Cephesi Komutanı, Kuvva-yı Seyyare ile birlikte 14 Ekim 1920'de Gediz'de bulunan Yunan kuvvetlerine saldırdı. Dalgalı, disiplinsiz ve emir-komuta düzeni bozuk harekatta Türk Ordusu yenildi. Yunan Ordusu karşısında yenilen Türk kuvvetleri geri çekildi. Gediz Saldırısı genel bir yenilgiyle sonuçlandı.